Dans la maison de vacances de Cynthia à Vaguelone, Sacha, Iris et Rachid s'astreignent à un entraînement acharné en vue de la Coupe Junior du Pokémon World Tournament. Aurore décide qu'ils ont besoin d'une pause et parle alors à ses amis d'une île déserte toute proche où vit un Onix hors du commun. Elle leur suggère d'aller l'explorer. Le majordome de Cynthia, Juan, les emmène sur l'île en bateau. Il les dépose sur le rivage et leur promet de revenir les chercher un peu avant le dîner. Il les avertit ensuite que l’île n’est pas sans dangers. Nos héros découvrent bientôt qu'il a dit vrai. Une immense grotte de l'île sert de foyer à un grand troupeau d'Onix. Et ces énormes Pokémon ne sont pas accueillants ; ils attaquent nos héros, qui s'enfuient. Ils se retrouvent séparés. Iris et Aurore font surface dans une forêt, tandis que Tiplouf se retrouve dans une clairière, accompagné de Sacha et de Rachid. Les garçons rencontrent alors d'autres Onix en colère et, alors qu'ils tentent de s'échapper, Meloetta tente sans succès d'amadouer les Onix grâce à la beauté de son chant. Elle change alors de forme et se rue dans le combat. Pendant ce temps, Aurore et Iris ont quelques soucis avec les Pokémon qu'elles rencontrent dans les bois. Iris est tout heureuse de rencontrer un Magnéti. Comme elle n'en a jamais vu auparavant, elle reçoit une décharge électrique alors qu'elle essaie de le caresser. Aurore, de son côté, vit une mésaventure semblable avec un Trompignon adorable, mais qui l’attaque avec Para-Spore ! Les filles finissent par pénétrer dans une gorge, et y retrouvent Sacha, Rachid et Tiplouf pourchassés par un troupeau d'Onix. Moustillon et Tiplouf s'unissent pour combattre les Onix, car leurs attaques de type Eau sont super efficaces. Et au cours du combat, Moustillon apprend à maîtriser la puissante attaque Hydrocanon ! Mais devant tant d'Onix, c'est loin d'être suffisant, et Sacha demande à Meloetta de chanter à nouveau. Cette fois, même sa mélodie semble inefficace, et les Onix se rapprochent lorsque, soudain, du haut de la falaise, un Onix chromatique se met à grogner sur les autres. C'est le fameux Onix hors du commun que nos héros cherchaient. Il semble également être le chef des autres Onix de l'île car soudain, les autres Onix battent en retraite et retournent dans leur grotte. Lorsque Juan revient chercher nos héros, Sacha et les autres lui racontent ce qui s'est passé, et Juan émet la théorie que les chants de Meloetta aient touché cet Onix extraordinaire au plus profond de son coeur, permettant ainsi à nos héros de lui échapper. Un superbe arc-en-ciel illumine le retour de nos héros vers Vaguelone, et inspire un nouveau chant à Meloetta. En entendant sa gracieuse mélodie, Rachid, Sacha, Iris, Aurore et même Juan se mettent à penser à leurs contrées natales. Décidément, la voix de Meloetta a de bien curieux pouvoirs ! Des pouvoirs que la Team Rocket va bien entendu essayer de s'approprier. En effet, Jessie, James et Miaouss continuent à élaborer un plan diabolique pour s'approprier Meloetta et l'offrir à leur Boss bien aimé.