Dans un sinistre laboratoire, le scientifique Nikolaï se livre à des expériences sur un Mygavolt terrifié pour tenter d'augmenter sa puissance à l’aide d’ondes électromagnétiques. Il semble faire partie d'une organisation mystérieuse appelée la Team Plasma, qui cherche à prendre le contrôle de la région d'Unys...

Alors que nos héros se dirigent vers les Ruines Blanches en passant par la ville d’Amaillide, ils sont attaqués par trois Gaulet furieux.

Sacha, Iris et Rachid contre-attaquent, puis emmènent les Pokémon au Centre Pokémon, qui s’avère être bondé ! L’Infirmière Joëlle leur explique que de nombreux Pokémon de la montagne sont descendus dans la ville pour attaquer les gens sans aucune raison apparente. Un Dresseur mentionne alors qu'il a vu des étrangers rôder autour de l’observatoire abandonné, près du sommet.

Sacha et sa bande décident d’aller jeter un coup d’œil. En route vers le sommet, ils rencontrent un personnage barbu qui leur conseille de ne pas aller plus loin parce que c'est trop dangereux. La véracité de son avertissement est vite confirmée alors que tous les Pokémon des alentours les encerclent et se mettent à les attaquer, Pikachu et Coupenotte y compris ! L'homme déclenche un dispositif qui protège les Pokémon du champ électromagnétique, et lorsqu’ils se sont calmés, il enlève son déguisement : c'est le policier Beladonis des Forces de police internationales, qui poursuivait récemment la Team Galaxie dans la région de Sinnoh, et qui est maintenant à la poursuite de la Team Plasma. Il a suivi leurs traces jusqu’à l'observatoire abandonné, et nos héros décident naturellement de lui venir en aide.

Un affrontement a lieu avec la Team Plasma. À l'intérieur de l'observatoire, Nikolaï décide que Pikachu sera le sujet parfait pour ses expériences. La tension monte alors que Pikachu lutte contre l’influence de la machine inventée par Nikolaï... mais le lien entre Sacha et Pikachu est plus fort qu’un champ électromagnétique, et Pikachu se libère ! Nikolaï s'émerveille de ce dénouement, mais il remarque un dispositif étrange branché sur sa machine : c’est la Team Rocket qui a volé ses données ! Ces derniers s’emparent du matériel, libérant ainsi les Pokémon de la montagne de l’influence du scientifique, puis ils s’enfuient à bord de leur dirigeable. Mais un missile tiré depuis le vaisseau de la Team Plasma les envoie vers d’autres cieux !

Beladonis réalise que l'équipement abandonné est programmé pour s’autodétruire, alors il évacue rapidement le bâtiment avant l’explosion, qui détruira toute preuve des agissements de la Team Plasma et des expériences du docteur Nikolaï. Il jure de faire tout en son pouvoir pour dévoiler le complot de la Team Plasma. Sacha et les autres lui souhaitent bonne chance avant de reprendre leur voyage vers les Ruines Blanches.