La Team Plasma tente toujours de mettre en œuvre son plan diabolique : attraper des Pokémon pour utiliser leur puissance dans le but de dominer le monde. Deux acolytes, Schwarz et Weiss, ont capturé un Gueriaigle et sont en route vers le QG, mais ils se retrouvent bloqués par un barrage que N a construit ! Ce dernier profite de leur distraction pour faire irruption dans leur camion et libérer Gueriaigle. Bien qu’ils parviennent à s’échapper, ils sont tous les deux blessés, et Gueriaigle porte un dispositif de repérage caché autour de son cou.

Nos héros sont en route vers les Ruines Blanches lorsqu’ils trouvent les deux blessés. Ils se rendent tous au Centre Pokémon, où l’Infirmière Joëlle soigne l'aile blessée de Gueriaigle. Pendant une mystérieuse panne d'électricité causée par la Team Plasma, N découvre le dispositif de repérage et réalise qu'il doit mettre Gueriaigle en sécurité ! Il explique son plan à Sacha et aux autres, et tout le monde passe à l’action. Schwarz et Weiss suivent le dispositif de repérage, mais ils découvrent rapidement que c'est en réalité N qui l’utilise comme appât pour les éloigner, tandis que Sacha, Iris et Rachid emmènent Gueriaigle en lieu sûr !

Mais Gueriaigle sent que N est en danger. Il se met à résister et à crier jusqu'à ce que nos héros comprennent ce qui se passe. Ils reviennent juste à temps, car les Pokémon des bandits ont attaqué N ! Sacha sait que N n'aime pas les combats Pokémon, mais il semble qu’il n’ait plus le choix. Une bataille acharnée s'ensuit : Mangriff et Séviper aux côtés des bandits, contre le Pikachu de Sacha et le Minotaupe d’Iris, aidés par le Gueriaigle sauvage, qui change le cours de la bataille en faveur de nos héros. Schwarz et Weiss s’enfuient, en promettant d'attraper Gueriaigle à la prochaine occasion.

Gueriaigle peut enfin retourner dans la nature, et nos héros reprennent leur voyage. Et cette fois, N les accompagne !