Tandis que nos héros et N continuent leur voyage, la Team Plasma peaufine son plan diabolique : cibler et contrôler les Pokémon en élevant au maximum leur colère et leur puissance d’attaque grâce à la machine infernale de Nikolaï. Les agents de la Team Plasma surveillent aussi Spruce Keteleeria et son équipe aux Ruines Blanches ; de plus, ils semblent chercher N !
Sacha et les autres sont arrêtés par l'Agent Jenny, qui les avertit que le pont est fermé parce qu'un Tranchodon déchaîné terrorise la ville ! Iris sait qu’un Pokémon Dragon ne ferait pas une chose pareille sans raison et nos héros partent en courant à la recherche d'une autre entrée dans la ville, en empruntant une barque qui prend l’eau. Quand ils arrivent, la ville semble déserte, mais ils se heurtent à l'Agent Beladonis des Forces de Police Internationales, qui mène sa propre enquête. Sacha présente Beladonis à N, mais Beladonis l'a déjà reconnu comme étant recherché par la Team Plasma. Pendant ce temps, la Team Rocket a observé le carnage et comprend que l’attitude de Tranchodon doit être le résultat des efforts de la Team Plasma. Jessie, James et Miaouss décident de s’approprier le dispositif qui a rendu les Pokémon furieux !
Quand nos héros et N trouvent le Tranchodon déchaîné, ils essayent de le calmer. Mais lorsqu’Iris appelle Dracolosse à la rescousse, Nikolaï le rend furieux lui aussi à l’aide de son dispositif ! Une rude bataille s'ensuit, et quand la Team Plasma découvre N, il devient évident qu'ils se connaissent. La Team Plasma veut que N les rejoigne, mais N refuse, leur ordonnant de le laisser tranquille. Quand Iris se trouve exposée à une puissante attaque, N la pousse et reçoit le coup qui lui était destiné. Il tombe, évanoui.
Pendant ce temps, la Team Rocket profite de la distraction de la Team Plasma pour essayer de voler ses documents. Mais ils ne passent pas longtemps inaperçus, et quand une bataille éclate, une attaque du Léopardus de la Team Plasma détraque le dispositif. Tranchodon et Dracolosse sont libérés, Nikolaï sonne la retraite tandis que Ghetis, le leader, veut à tout prix capturer N.
Alors que Sacha, Iris et Rachid essaient vainement de réveiller N, un brouillard mystérieux s’élève et deux femmes apparaissent. Elles demandent à leurs Pokémon, Sidérella et Gardevoir, d’emmener N, et s'éloignent, bientôt suivies par nos héros et la Team Rocket. Le trio ignoble finit au bord d'une falaise tandis que, plus bas, nos héros voient les deux femmes immerger N dans un bassin. Que font-elles ? Nous le saurons bientôt, car le voyage continue !
