En continuant leur voyage, nos héros et N se trouvent confrontés aux bandits de la Team Plasma, qui attrapent d'innocents Pokémon pour leur faire subir des expériences aux buts maléfiques ! Alors qu’une bataille acharnée fait rage, N est pris entre deux feux et est sévèrement blessé. Deux femmes mystérieuses surgissent alors d'un épais brouillard et emmènent N, évanoui, à un étang dans lequel elles l’immergent, devant les yeux de nos héros.

Avec stupéfaction, Sacha et ses amis constatent que N est complètement guéri ! Ils découvrent bientôt que lui et ses deux compagnes, Colombe et Vénus, vivent dans une cachette secrète, qui est aussi un refuge pour Pokémon blessés.

N raconte que lorsqu’il était petit, il vivait dans une grande maison dont il ne pouvait jamais sortir. Ghetis, le chef de la Team Plasma, avait fait croire à N, Colombe et Vénus qu’il voulait utiliser leurs pouvoirs de compréhension des voix intérieures des Pokémon pour empêcher les gens de les maltraiter. Mais quand Ghetis est confronté au Pokémon légendaire Reshiram absolument furieux, ils comprennent qu’il leur avait menti depuis le début.

Maintenant, N et ses compagnes croient qu’on ne peut pas faire confiance aux humains pour assurer le bien-être des Pokémon. Ils disent au contraire que les Pokémon doivent rester à l’écart des gens. Cependant, nos héros sont déterminés à leur prouver qu’ils se trompent. Colombe et Vénus sont bientôt stupéfaites de voir un Pokémon qui avait été maltraité se conduire de façon amicale avec les jeunes Dresseurs.

Quand les acolytes de la Team Plasma découvrent la cachette de N, une nouvelle bataille acharnée s'ensuit. Mais nos héros sont à la hauteur de la tâche et la Team Plasma est encore une fois vaincue, du moins pour le moment !

Cependant, N, Vénus et Colombe restent convaincus que les humains et les Pokémon ne peuvent pas cohabiter, et ils disent donc adieu à nos héros avant de disparaître dans le brouillard. Sacha et les autres se demandent s'ils reverront un jour leur ami N.