Sacha est en train de vivre un moment fantastique : il vole sur le dos du Pokémon légendaire Reshiram ! Soudain, il croise Iris, chevauchant le Pokémon légendaire Zekrom, qui le défie dans un combat ! Zekrom déclenche une redoutable attaque Tonnerre qui foudroie Sacha et le renvoie… dans son lit, au laboratoire du Professeur Keteleeria. Ce n’était qu’un rêve, et Iris a demandé à Pikachu de lancer une attaque Tonnerre pour essayer de tirer Sacha de son profond sommeil. Elle lui dit d'aller se préparer, parce que la suite de leurs aventures commence aujourd'hui ! Sacha a l'intention de rentrer chez lui à Kanto, et Rachid et Iris décident de l’accompagner ! Le Professeur Keteleeria leur suggère de voyager à bord d’un bateau qui s'arrête aux Îles Décolores, une idée qui plaît à tous... et qui tombe dans les oreilles indiscrètes de la Team Rocket.

Grâce à une ruse, nos héros se retrouvent à bord du petit bateau de la Team Rocket et Jessie, déguisée en membre d’équipage, incite Sacha, Iris et Rachid à lui laisser leurs Poké Balls, puis invite Pikachu et Coupenotte à prendre une collation. Les Pokémon sont emprisonnés dans la salle de jeux tandis que James enferme nos héros dans leur chambre !

Mais une Poké Ball a échappé à Jessie, et Moustillon, libre d'explorer le navire, découvre rapidement le complot de la Team Rocket ! Moustillon frappe le panneau de contrôle avec Coquilame, privant le navire d'électricité, déverrouillant ainsi toutes les portes. Nos héros récupèrent rapidement leurs Pokémon et, bien que Rachid leur ait déconseillé de se battre sur le navire, Sacha et Iris affrontent la Team Rocket. Lorsqu’Iris demande à Minotaupe d’utiliser Tunnel, le bateau commence à couler !

La Team Rocket est projetée dans une énorme gerbe d’eau, nos héros parviennent à s'échapper, et cette fois, ils embarquent sur le bon bateau. Ils mettent le cap sur Kanto avec une escale aux Îles Décolores, et l'aventure continue !