En poursuivant leur croisière dans les Îles Décolores, en route pour la région de Kanto, nos héros explorent une zone rocailleuse de l’Île Spacieuse. Ils décident de s’arrêter pour la nuit, mais Pikachu et Coupenotte sont réveillés par le Pokémon fabuleux Jirachi ! On raconte que Jirachi se réveille tous les mille ans pour sept jours seulement. Tandis que Pikachu et Coupenotte s’amusent avec Jirachi, le bruit réveille nos héros et Sacha, comprenant ce qu’il a sous les yeux, se précipite pour gagner l’amitié de Jirachi ; malheureusement, il ne réussit qu’à l’effrayer et à le faire fuir !

Le lendemain, tandis que Sacha, Rachid et Iris commentent leur aventure, une certaine Gemma se précipite vers eux et les supplie de lui dire par où Jirachi est parti ! Il s’avère qu’elle a désespérément besoin que Jirachi exauce son souhait : rendre à la montagne l’eau et la végétation qui y abondaient autrefois. Plus tard, nos héros rencontrent la mère de Gemma, qui leur apprend que son mari est parti en voyage depuis deux ans, afin de découvrir pourquoi la source s’est asséchée, faisant de la montagne un véritable désert. L’une des raisons pour lesquelles Gemma veut que son souhait s’accomplisse est, bien entendu, pour que son père revienne !

Il ne reste que sept jours avant que Jirachi ne se rendorme pour mille ans, aussi Sacha et ses amis proposent-ils à Gemma de l’aider à retrouver le Pokémon pour qu’il exauce son souhait. Ils le retrouvent une première fois, mais s’en approchent trop brusquement et Jirachi s’enfuit. Ils continuent à le chercher, jour après jour. Ils ne sont pas les seuls ! Jessie, James et Miaouss veulent aussi mettre la main sur le Pokémon fabuleux !

Finalement, le septième jour, ils trouvent Jirachi et, cette fois, Gemma reste calme. Jirachi accepte de réaliser son souhait lorsqu’il est soudain capturé par la Team Rocket ! Le courage de Gemma, les qualités de combattants de nos héros, et les étonnants pouvoirs de Jirachi se combinent pour le libérer et envoyer la Team Rocket vers d’autres cieux.

Jirachi est épuisé et blessé. C’est alors que le père de Gemma arrive et les mène à l’autel de la montagne, où Gemma fait un nouveau souhait : elle veut simplement que Jirachi guérisse. Son vœu est exaucé, et tandis que Jirachi retrouve son énergie, l’eau recommence à couler dans la montagne. La famille de Gemma est réunie, la montagne va reverdir, et Jirachi reprend son sommeil de mille ans, tandis que nos héros repartent pour de nouvelles aventures.