Lors de leur visite à la Falaise Muraille, nos héros pêchent tranquillement lorsque Sacha sort soudain de l’eau un Venalgue, qui attaque Pikachu avec son poison ! Heureusement, ils rencontrent un couple sur la route qui longe la plage, et les deux jeunes gens soignent Pikachu au moyen d’un Antidote efficace. Eddy et Luce sont archéologues sous-marins et recherchent Le Cousteau, un luxueux paquebot qui a sombré il y a bien des années, et nos héros décident de les aider dans leur mission ! Tandis que Lem et Clem restent à bord avec Eddy, Sacha et Serena plongent avec Luce dans leur sous-marin, et s’enfoncent vers le fond de l’océan. Il s’avère rapidement que Le Cousteau est bel et bien là, et grâce à des Kravarech qui l’ont soudé à d’autres épaves avec Acide, il est devenu une maison pour toutes sortes de Pokémon Eau !
Mais une lumière mystérieuse les attire vers l’épave, et ils aperçoivent le sous-marin de la Team Rocket. Les bandits sont venus pour dérober le trésor englouti du Cousteau, mais leurs manœuvres ont endommagé la structure du bateau ! Avec un peu d’aide de nos héros, les Pokémon sauvages arrivent à réparer leur maison sous-marine tandis que la Team Rocket s’échappe avec le coffre-fort du Cousteau, pour être aussitôt prise dans un tourbillon ! Venalgue est pris, lui aussi, mais Grenousse vient à son secours au moyen d’un bond spectaculaire qui donne à Sacha une idée pour son prochain combat d'Arène !
