Le Professeur Platane et Alexia explorent des ruines et découvrent la statue de pierre d’une jeune femme nommée Agnès. Une légende leur revient. Le bien-aimé d’Agnès, Yann, aurait tenté de vaincre le Pokémon Destruction Yveltal. Mais c’est le jeune homme qui a été vaincu, et après avoir anéanti toute vie dans le pays et changé Agnès en pierre, Yveltal se serait transformé en cocon.

Yann se serait alors lancé à la recherche du Pokémon Vie Xerneas, pour qu’il rende au pays son énergie vitale, même si cela n’aurait pas sauvé Agnès. Et quand l’écosystème de Kalos semble dramatiquement déséquilibré, Zygarde, le Pokémon Ordre, serait apparu pour rétablir l’équilibre. Yann serait resté auprès d’Agnès, tandis qu’autour d’eux, le cycle de la vie et de la destruction se poursuivait…