Après avoir franchi un étrange portail, Sacha, Goh, Aurore et Chloé se retrouvent dans un monde parallèle où le temps s’écoule à l’envers, si bien que tous les Pokémon sont redevenus des Œufs !
En menant l’enquête sur ces mystérieux phénomènes, nos héros découvrent les deux Pokémon légendaires Dialga et Palkia qui se livrent une lutte acharnée. Après avoir vaincu la Team Rocket de ce monde parallèle, nos héros sont victimes du temps inversé et redeviennent de jeunes enfants ! Dans un effort désespéré pour rétablir l’espace-temps, ils expriment les sentiments qu’ils éprouvent pour les Pokémon à Dialga, Palkia et Arceus, le Pokémon fabuleux, qui apparaît pour mettre fin au conflit. Tout revient à la normale et nos héros peuvent rentrer chez eux !