Sacha et ses amis déjouent un nouveau complot de la Team Rocket, en haute mer, mais se retrouvent désemparés lorsque le bateau de la Team Rocket refuse de démarrer faute d’essence. Dérivant avec la marée, ils finissent par échouer sur l’épave d’un vieux navire. À bord, ils rencontrent l’un des derniers passagers, qui est revenu pour chercher le Flobio dont il a été séparé lors du naufrage du bateau. Tout heureux d’avoir trouvé un moyen de regagner la terre ferme, Sacha et ses amis lui proposent de l’aider dans ses recherches. Mais tandis qu’ils progressent d’un pont à l’autre, les membres de la petite équipe commencent à disparaître les uns après les autres !