Une ombre plane sur Sacha, Flora et leurs amis alors qu'ils parcourent la région de Hoenn, et ce n'est pas celle du Mont Chimnée : la Team Magma et la Team Aqua ont mis leurs plans à exécution et nos héros sont pris dans la tourmente ! Lorsqu'ils ne sont pas occupés à déjouer des plans machiavéliques, Sacha et Flora poursuivent leurs objectifs personnels. Ainsi, Sacha obtient trois nouveaux Badges tandis que Flora remporte ses trois premiers Rubans de Concours. Le groupe obtient également de nouveaux Pokémon comme Chartor et Bulbizarre, mais arriveront-ils à contrôler toute leur puissance ?