En quête d'un endroit tranquille pour s'entraîner, Sacha et ses amis abordent sur une île à l'écart, habitée autrefois par un Pokémon antique dont la race s'est éteinte. Mais Max remarque soudain un Vacilys, un Pokémon dont la race aussi est censée s'être éteinte, qui semble se cacher dans les buissons ! Les amis de Max se moquent de lui et l’assurent qu'il s'est trompé. Le jeune Dresseur se lance alors à la poursuite du Pokémon « éteint » pour leur prouver qu’il avait raison. De leur côté, Sacha, Flora et Pierre commencent à croire que Max ne s’est pas trompé. En effet, ils rencontrent des scientifiques qui prétendent être capables de faire revivre des Pokémon disparus grâce à leurs fossiles : Vacilys, Lilia, Anorith et Armaldo. Pendant ce temps, à bord d'un vaisseau peu respectueux de l'écologie, la Team Rocket tente de voler ces Pokémon anachroniques. Nos héros pourront-ils transcender les millénaires et convaincre ces créatures antiques de combattre la Team Rocket avec eux ?