Une attaque un peu mal dirigée de Pikachu projette Sacha et ses amis dans la mer, loin du rivage. Ils sont heureusement secourus par un énorme sous-marin, mais leur soulagement est de courte durée lorsqu’ils s'aperçoivent que le vaisseau appartient à la Team Magma. À l'intérieur du sous-marin, Sacha et ses amis apprennent que la Team Magma et la Team Aqua ont le projet diabolique de prendre le contrôle des Groudon et des Kyogre, et grâce à leurs pouvoirs, de dominer la planète entière. Pour accomplir leur plan, ils ont besoin de deux mystérieux bijoux qui leur permettront de contrôler ces Pokémon antiques. Sacha et ses amis comprennent qu'ils vont devoir agir vite pour les arrêter. Mais Pikachu se retrouve soudain lié à l'un de ces mystérieux bijoux, et nos héros se demandent comment ils vont faire pour libérer Pikachu et combattre ces deux organisations criminelles.