Dopo essersi accertati che gli Esploratori sono dietro la comparsa di una misteriosa torre su un’isola vicina, i Locomonauti passano all’azione. Dot inizia a lavorare a un programma che disattivi il dispositivo che i nemici intendono usare per richiamare il Rayquaza nero mentre Friede, Liko e Roy si dirigono alla torre per indagare. Ruben intrappola al suo interno Friede e Capitan Pikachu, ma questi riescono a scappare dopo una difficile lotta. Nel frattempo, Liko e Roy trovano Donia, Coral e Sidian al faro, dove stanno usando il loro dispositivo per riprodurre la risonanza di Terapagos con Rayquaza. Quando quest’ultimo finalmente compare, gli Esploratori lanciano un attacco a sorpresa. Il loro piano avrà successo?