Ash si sta divertendo un sacco mentre vola in groppa al Pokémon Leggendario Reshiram. improvvisamente però, incontra iris che, in groppa a zekrom - altro Pokémon Leggendario - lo sfida! Zekrom usa fulmine facendo precipitare Ash… dal letto nel laboratorio della professoressa Aralia. è tutto un sogno! Iris, non riuscendo a svegliare Ash, ha chiesto a Pikachu di aiutarla usando Fulmine. Iris dice poi ad Ash di prepararsi perché li attendono nuove avventure! Ash pensa di tornare a casa, nella regione di Kanto, e Iris e Spighetto decidono di andare con lui! la professoressa Aralia consiglia loro di raggiungere Kanto su una nave da crociera che fa tappa alle Isole Cristalline - idea accolta con favore da tutti quanti, compresi i tre spioni del Team Rocket!

Per colpa di alcuni abili trucchetti del Team Rocket, i nostri eroi finiscono per imbarcarsi sulla nave sbagliata. Jessie, travestita da assistente, convince Ash, Iris e Spighetto a lasciarle le Poké ball, e infine invita Pikachu e Axew a farsi uno spuntino. Mentre Jessie chiude a chiave tutti i Pokémon nella stanza dei giochi, James (travestito da capitano) accompagna e chiude i nostri eroi nella cabina.

Durante un momento di distrazione, Jessie perde una Poké Ball. da questa esce Oshawott che, libero di perlustrare la nave, scopre il piano del Team Rocket! Oshawott attacca i tre con Conchilama e colpisce il pannello di controllo facendo così saltare l’elettricità e sbloccando le porte. Ash, Iris e Spighetto, preoccupati per i loro Pokémon, corrono sul ponte della nave e affrontano il Team Rocket. Spighetto però è dell’idea che sia pericoloso lottare su un’imbarcazione! ben presto, dimostrerà a tutti di aver ragione: Fossa di Excadrill fa un buco nella nave che comincia ad affondare!

Il Team Rocket prende il volo colpito da un getto d’acqua, mentre i nostri eroi riescono a scappare e a trovare la nave giusta che, diretta a Kanto, farà loro scoprire le Isole Cristalline… perché l’avventura continua!