Diretti verso la regione di Kanto, i nostri eroi continuano il loro viaggio nelle Isole Cristalline e ora si trovano in una landa deserta e rocciosa dell’Isola Extensa. All’imbrunire, decidono di fermarsi a campeggiare, ma Pikachu e Axew vengono destati dal Pokémon misterioso Jirachi, noto per svegliarsi per sette giorni ogni mille anni. I nostri eroi vengono a loro volta svegliati da Pikachu e Axew che stanno giocando con Jirachi. Quando Ash si rende conto di che Pokémon si tratta, gli corre incontro tutto elettrizzato facendolo però scappare spaventato.
Il mattino seguente, mentre Ash, Spighetto e Iris parlano di Jirachi, una ragazza di nome Gemma li raggiunge per chiedere informazioni riguardo al Pokémon. Alla fine si scopre che la ragazza vuole che Jirachi realizzi un suo desiderio: fare tornare la montagna verde e rigogliosa come un tempo. Più tardi i nostri eroi conoscono la madre di Gemma che spiega loro che suo marito è in viaggio da quasi due anni per scoprire le ragioni dell’improvvisa aridità. Tra i motivi che spingono Gemma a vedere realizzato il suo desiderio c’è anche quello di riavere suo padre a casa!
Con soli sette giorni a disposizione prima che Jirachi cali nel sonno per altri mille anni, i nostri eroi decidono di aiutare Gemma a trovare Jirachi. La prima volta che lo trovano però Gemma si avvicina troppo velocemente e il Pokémon scappa di nuovo. Ma Ash e gli altri non si danno per vinti e continuano a cercarlo. Ma non sono gli unici: Jessie, James e Meowth vogliono a loro volta mettere le mani sul Pokémon misterioso!
Finalmente il settimo giorno ritrovano Jirachi e questa volta Gemma mantiene la calma. Quando chiede che il suo desiderio venga esaudito, Jirachi acconsente ma proprio in quel momento viene catturato dal Team Rocket! Grazie al coraggio di Gemma, alle capacità di lotta dei nostri eroi e all’incredibile forza di Jirachi, il Team Rocket viene sconfitto per l’ennesima volta!
Jirachi è esausto per l’attacco sferrato. In questo momento sopraggiunge il padre di Gemma che li conduce al Tempio della Montagna dove Gemma esprime un nuovo desiderio, ovvero che Jirachi guarisca. Il suo desiderio è esaudito e mentre Jirachi riacquisisce energia, l’acqua comincia a scorrere dalla montagna. La famiglia di Gemma è riunita, la montagna è sulla via della ripresa e Jirachi torna al suo sonno millenario. Ma il viaggio dei nostri eroi non finisce qua...