Jessie, James e Meowth stanno progettando, ancora una volta, di catturare Pikachu, quando vengono interrotti da due misteriosi personaggi: una donna incappucciata, che si fa chiamare semplicemente Madame X, e Malamar, un Pokémon dai temibili poteri ipnotici. Ben presto, Jessie e James cadono sotto il suo incantesimo, ma Meowth riesce a fuggire e si imbatte proprio nei nostri eroi!

Ash, Serena, Lem e Clem curano le ferite di Meowth che, una volta rimessosi in sesto, li avverte dell’imminente pericolo, e cioè che Madame X e Malamar hanno intenzione di catturare Pikachu. Ed è proprio quello che succede: i due compaiono, insieme a Jessie e James ipnotizzati, e grazie a Psichico di Malamar rapiscono Pikachu e si rifugiano nel loro nascondiglio.

Lem sfodera una nuova invenzione: Pikabot, un robot con le sembianze di Pikachu, progettato per rilevare l’energia del Pokémon, che li conduce in un osservatorio dove però rimane incastrato nella recinzione ed esplode. Mentre Lem effettua una veloce riparazione, Clem nota la moto dell’Agente Jenny parcheggiata fuori all’edificio. I nostri eroi, decisi a indagare, vi si intrufolano e vi trovano proprio Madame X insieme a Pikachu, ipnotizzato dai poteri di Malamar! Quest’ultimo è riuscito nel frattempo ad assoggettare anche Serena, Clem e Lem. L’unico motivo per cui Ash gli è sfuggito è che Meowth l’ha ferito per farlo rimanere in sé.

Inizialmente, Pikachu obbedisce agli ordini di Madame X e cerca di fermare Ash, ma il legame tra il Pokémon e il suo Allenatore è più forte di qualsiasi potere ipnotico e Pikachu riesce a liberarsi dal controllo psichico! All’improvviso, Pikabot, che nel frattempo ha ripreso a funzionare, irrompe nell’edificio e travolge Malamar, mettendolo fuori gioco. Tutti si risvegliano, inclusa Madame X, che si scopre essere l’Agente Jenny!

Malamar, per bocca di Meowth, si compiace del suo piano di conquista del mondo. Trasformare l’Agente Jenny nella sua complice era solo il primo passo verso la creazione di un’arma invincibile. Tuttavia, ora che è il suo piano è stato svelato, Malamar decide di distruggere la sua opera. Tutti si precipitano fuori dall’edificio per sfuggire all’esplosione imminente, ma Malamar riesce a scappare! Che ne sarà del suo malefico piano?