La cerimonia di premiazione della Lega di Kalos viene bruscamente interrotta quando delle giganti radici avviluppano lo stadio e l’intera città di Luminopoli! Elisio svela finalmente il piano del Team Flare alla TV: creare un nuovo ordine mondiale di cui solo gli ”eletti” potranno fare parte! Ash e Alan corrono in soccorso di Marin, ma incontrano il Team Flare e Ash resta sconvolto dallo scoprire che Alan ha collaborato con Elisio per tutto questo tempo. Il nostro eroe viene quindi imprigionato in cima alla Torre Prisma mentre i suoi amici sono sulle tracce di Mollicino. Intanto un infuriato Zygarde incontra la sua controparte mentre Mollicino rivela la sua vera identità! Lo scontro tra i due Zygarde è ormai imminente!