Elisio continua a seminare il panico e i nostri eroi si sono divisi su più fronti: Ash e Alan lottano contro Elisio, appoggiati da Malva, mentre Clem affronta il minaccioso Zygarde, cantando coraggiosamente tra le lacrime la sua canzone per Mollicino. Così piano piano il Team Flare perde il controllo del possente Pokémon che rientra in sintonia con la sua piccola amica. Intanto, Lem si fa strada nella Torre Prisma per sconfiggere Xante, e Lembot si collega al sistema che controlla l’altro Zygarde per cercare di arrestarlo; anche se questo cancellerà la sua memoria, Lembot ricorda a Lem che non hanno altra scelta, e il ragazzo a malincuore acconsente. Lem riesce così a bloccare il processo messo in atto dal Team Flare… almeno per ora.