Ash e Goh vogliono vedere i Pokémon Fossile e Cloe ha un progetto di scienze da completare, così partono tutti insieme per il Museo della Scienza di Plumbeopoli! Lì, incontrano un uomo che somiglia molto al capo degli scavi archeologici conosciuto a Unima, ma questi insiste nel dire di essere il direttore del museo. Mentre esplorano gli scavi, i nostri eroi vi trovano ogni genere di antichi reperti e perfino un pezzo di Ambra Antica! Il Team Rocket però sta di nuovo architettando qualche colpo: nel tentativo di manovrare una Macchina Rigeneratrice di Pokémon Fossile, ne provocano l’esplosione! Nel frattempo, Goh ha messo gli occhi su un energico Aerodactyl e, dopo una lotta accanita, gli chiede con gentilezza di diventare amici. Aerodactyl accetta e Goh torna a casa con un nuovo, antico amico Pokémon!