Onze helden worden uitgenodigd door professor Juniper senior (Cedric), om hem te vergezellen bij een ontdekkingstocht van een ruïne die bekend staat als ontmoetingsplaats tussen “De Held” en Zekrom, lang geleden. Cedric leeft onze helden een passage voor uit deel achttien van het Zwarte Hoofdstuk in Pokémon Mythologie: “Wanneer de Held het duister in licht verandert en het hart van de held een wordt met de Pokémon, zal Zekrom neerdalen en de Held zijn kracht verlenen.”
Aangekomen bij de ruïne, waarschuwt Cedric onze helden dat hij vol kan zitten met valstrikken en dat is wat zij al snel ontdekken. Hun eerste crisis betreft een enorme kei die naar beneden rolt door een smalle gang en hen dreigt te pletten, maar Pansage gebruikt Graaf en onze helden weten te ontkomen.
Vervolgens komen ze bij twee bruggen over een diep ravijn, maar het blijkt dat beide bruggen beladen zijn met gevaar. Echter, Axew vind een andere weg.
Ze komen voor drie grot ingangen en moeten besluiten welke ingang de juiste is. Ze proberen ze een voor een en bij de derde ingang komen ze in een grote ruimte die de vorm heeft van de vulkanische krater , waar zij verscheidene kristallen pilaren ontdekken en de Gouden Duister Steen… evenals een kwade Sigiglyph. Hoewel Cedric onze helden waarschuwt om de Steen niet aan te raken, pakt hij hem zelf! Dan ontmoeten zij een paar boze Cofagrigus.
Als alles verloren lijkt, herinnert Cedric hen aan een passage uit het Zwarte Hoofdstuk in Pokémon Mythologie: “Zekrom verleende zijn kracht aan de Held zodra zijn hart een was met de Pokémon.”
Terwijl Ash en zijn vrienden denken aan de fantastische tijd die ze met hun Pokémon hebben doorgebracht en hoeveel ze van hen houden, worden ze plotseling gered door Sigilyph en Cofagrigus.
Hoewel Iris boos is vanwege de gevaren tijdens hun avontuur, zijn Ash en Cilan opgetogen over al het plezier dat ze hebben gehad. Ze bedanken Cedric en nemen afscheid.
Plotseling staat er een dreigende Krokorok voor hen…
