Terwijl ze hun reis samen vervolgen, stuiten onze helden en NNN plotseling op een aantal Team Plasma leden die onschuldige Pokémon vangen en gebruiken als test object.
Als er een hevig gevecht losbarst tussen de twee partijen, bevindt NNN zich in het schootsveld en raakt ernstig gewond. Twee geheimzinnige vrouwen doemen op uit een dichte mist en brengen de bewusteloze NNN naar een vijver in de wildernis en dompelen hem onder. Ondertussen zijn onze helden stille getuigen van deze dramatische ontwikkelingen.
Ash en zijn vrienden kijken vol verbazing toe en zien hoe NNN volledig geneest! Ze komen er al snel achter dat NNN en zijn twee vrouwelijke metgezellen, Concordia en Anthea, in een geheime schuilplek leven, die ook als toevluchtsoord dient voor gewonde Pokémon.
NNN beschrijft hoe hij ooit in een landhuis woonde als kleine jongen, maar nooit naar buiten mocht. Ghetsis, de leider van Team Plasma, had tegen hem, Concordia en Anthea gezegd dat zij bestemd waren om hun gave, om de innerlijke stem van Pokémon te horen, te gebruiken om ervoor te zorgen dat Pokémon niet langer slecht behandeld zouden worden door mensen. Maar wanneer Ghetsis wordt geconfronteerd met de Legendarische Reshiram, realiseren ze zich dat Ghetsis al die tijd tegen ze heeft gelogen.
NNN en zijn metgezellen geloven nog steeds dat mensen niet te vertrouwen zijn als het gaat om het welzijn van Pokémon en ze geloven dat Pokémon uit de buurt van mensen gehouden moeten worden. Onze helden zijn echter vastbesloten om hun ongelijk te bewijzen en Concordia en Anthea staan verstelt als de eerder slecht behandelde Pokémon toenadering zoeken tot de jonge trainers.
Als de mannen van Team Plasma ontdekken waar NNN zich bevindt, volgt er opnieuw een heftig gevecht. Maar onze helden kunnen het aan en Team Plasma wordt weer verslagen, voor nu tenminste.
Toch blijven NNN, Anthea en Concordia ervan overtuigd dat mensen en Pokémon niet naast elkaar kunnen bestaan en dus nemen ze afscheid van onze helden en verdwijnen in de mist. Ash en zijn vrienden vragen zich af of ze ooit hun vriend NNN weer zullen zien.
