Vanaf de boeg van het luxe cruise schip zien Ash, Iris en Cilan door de mist iets wat lijkt op een gigantische Pokémon. Niemand anders schijnt het te hebben gezien, dus besluiten ze om rond te vragen bij hun volgende aanlegplaats, Grand Spectrala Island, om te zien of de eilandbewoners iets weten. Een winkelier vertelt hen dat er zo’n gerucht was op een eiland in de buurt en ze gaan onmiddellijk op onderzoek, nog voordat hij kans heeft gehad om te vertellen dat het gerucht van tien jaar geleden was.
Het kleine eiland blijkt een Pokémon toevluchtsoord te zijn. Terwijl ze het bos verkennen, worden onze helden bedreigd door een enorme Heatmor die hen naar de rand van een klif drijft. Hij schrikt ook een paar wilde Pokémon op, waaronder een Foongus die Axew aanvalt met Spoor in een wanhopige poging om weg te komen. Axew valt in diepe slaap. Pikachu probeert terug te vechten tegen de enorme Pokémon maar geen van de aanvallen lijkt iets uit te halen. Dan doemt er een geheimzinnig persoon in een donkere jas met een zonnebril op uit het bos die tussen onze helden en de enorme Heatmor gaat staan en plotseling zijn ze beide verdwenen.
Cilan denkt dat ze te maken hebben met illusies, maar ze hebben andere zorgen. Axew is nog steeds niet wakker en ze moeten naar een Pokémon Center. Op de terugweg naar het andere eiland ontdekken ze een oud vervallen Pokémon Center, diep verscholen in het bos, en de lobby is vol met wilde Pokémon die wachten op een behandeling. Iris roept om hulp en een Audino verschijnt en rent weg om Zuster Joy te halen, die terugkomt zonder Audino.
Ash raakt hierdoor in de war omdat Zuster Joy en Audino altijd samenwerken. Wat dit Pokémon Center ook nogal ongewoon maakt is dat Zuster Joy medicijnen klaarmaakt voor Axew door een aantal bessen te vermalen met een vijzel. Maar deze ouderwetse benadering is wel effectief en Axew ontwaakt vol energie.
Dan verschijnt de geheimzinnige figuur met de zonnebril weer en stelt zichzelf voor: het is een oudere Zuster Joy die nu Pokémon Centers onderzoekt. Zij zegt dat dit centrum, waar zij vroeger werkte, gesloten had moeten zijn omdat er geen trainers naar het eiland komen. Dan beschuldigt ze de jongere Zuster Joy en zegt dat ze een oplichter is.
De jongere Zuster Joy lijkt te glinsteren en onze helden zien iets vreemds; een visioen van Onderzoeker Zuster Joy van tien jaar geleden, die een gewonde Zorua naar het Pokémon Center brengt. Zij vertelt onze helden dat ze Zorua vrijgelaten heeft in het bos, nadat ze hem heeft behandeld, maar dat hij regelmatig terugkwam om te helpen in het centrum. De twee werden goede vrienden, maar uiteindelijk werd het centrum gesloten en Zorua kwam niet meer langs dus kon ze hem niet laten weten dat ze weg moest.
Al snel wordt alles duidelijk. De Zuster Joy die Axew heeft behandeld en haar Audino helper zijn allebei een vermomming van Zoroark! Zoroark, die uit de Zorua geëvolueerd is die Zuster Joy had gered, heeft in zijn eentje het Pokémon Center draaiend gehouden en de wilde Pokémon die op het eiland leven geholpen. Zuster Joy is hierdoor geraakt en biedt aan om te blijven en het Pokémon Center officieel te laten heropenen zodat zij en Zoroark samen voor de eiland Pokémon kunnen zorgen. En nadat onze helden het Pokémon Center grondig schoongemaakt hebben, ziet het er zo goed als nieuw uit en gaan onze vrienden op weg naar hun volgende avontuur.