Onze helden zijn op weg naar de Kanto regio en maken een tocht langs de Decolore Islands. Ze verkennen een rotsachtig, verdord deel van Capacia Island. Nadat ze ’s avonds hun kamp opgeslagen hebben worden Pikachu en Axew gewekt door de Mythische Pokémon Jirachi. Er wordt gezegd dat Jirachi eens in de duizend jaar zeven dagen wakker is. Terwijl Pikachu en Axew spelen met Jirachi, worden onze helden door hun geluiden gewekt en als Ash zich realiseert wat hij ziet, raakt hij opgewonden en rent erheen om vrienden te worden. Daardoor jaagt hij Jirachi echter weg.
De volgende morgen praten Ash, Cilan en Iris over Jirachi en komt een meisje, Gemma, naar hen toe gerend. Ze smeekt hen om haar te vertellen waar hij naartoe gegaan is. Het blijkt dat zij wanhopig wil dat Jirachi haar wens vervult: de berg waar zij woont weer terug brengen in haar oude weelderige glorie. Later, tijdens de ontmoeting Gemma’s moeder Lotus, ontdekken onze helden dat haar man al bijna twee jaar op reis is om te ontdekken waarom de bron van de berg opgedroogd is en het landschap verdord. Een van de vele redenen waarom Gemma zo wanhopig haar wens in vervulling wil laten gaan, is dat haar vader weer terug naar huis kan komen.
Met maar zeven dagen de tijd om Jirachi te vinden voordat die weer duizend jaar in slaap zal vallen, bieden Ash en zijn vrienden Gemma aan om deze schuwe Pokémon te vinden en haar wens te laten vervullen. De eerste keer vinden ze hem, maar benaderen hem te snel, waardoor hij vlucht. Maar ze blijven zoeken, dag na dag en zij niet alleen. Jessie, James en Meowth willen deze Mythische Pokémon ook in handen krijgen!
Eindelijk, op de zevende dag, vinden ze Jirachi weer en dit keer blijft Gemma kalm. Als ze vraagt of Jirachi haar wens wil vervullen, staat hij dat toe, maar wordt gevangen door Team Rocket. Door het dappere optreden van Gemma, de vecht kwaliteiten van onze helden en de ongelofelijke kracht van Jirachi samen, wordt Jirachi bevrijd en schiet Team Rocket er weer vandoor.
Jirachi is uitgeput en gewond door de beproeving. Gemma’s vader arriveert en leidt hen naar de Tempel van de Berg waar Gemma een nieuwe wens doet: ze wil alleen dat Jirachi geneest. Haar wens wordt vervuld en terwijl Jirachi weer op krachten komt, begint het water weer te stromen van binnenuit de berg. Gemma’s familie is weer herenigd, de berg zal weer tot leven komen en Jirachi keert terug naar zijn slaap van duizend jaar, terwijl onze helden hun reis vervolgen.
