Tijdens een bezoekje aan de Muraille Kust, voorafgaand aan het Cyllage City Gym gevecht van Ash, zijn onze helden aan het vissen, als Ash een Skrelp vangt die Pikachu aanvalt met zijn gif.
Gelukkig komen ze langs het strand een stel tegen dat Pikachu geneest met een handig Serum. Eddy en Lindsey zijn diepzee archeologen op zoek naar de Cussler, een luxe cruiseschip dat vele jaren geleden is gezonken. Onze helden besluiten om hen te helpen met hun zoektocht. Terwijl Clemont en Bonnie aan dek blijven met Eddy, gaan Ash en Serena mee met Lindsey in haar duikboot en duiken ze naar de zeebodem. Inderdaad ligt het wrak van de Cussler daar en dankzij een paar handige Dragalge die de wrakstukken met elkaar verbonden hebben met Zuur, is het nu een leefplek voor vele verschillende Watersoort Pokémon.
Een mysterieus licht lokt ze dieper het wrak in, waar ze de duikboot van Team Rocket ontdekken. De boeven zijn daar om de gezonken schat van de Cussler mee te nemen en door hun toedoen brengen ze de constructie van het schip in gevaar!
Met hulp van onze helden weten de wilde Pokémon hun onderwater verblijf weer te herstellen, terwijl Team Rocket vlucht met de kluis van de Cussler. Echter, zij worden meegezogen door een draaikolk! Skrelp wordt ook meegezogen, maar Froakie schiet hem te hulp, waarbij hij zijn spectaculaire springkracht laat zien. Dat brengt Ash op ideeën die hij kan gebruiken in zijn komende Gym gevecht tegen Grant.