De prijsuitreiking van de Kalos League wordt ruw verstoord als gigantische, kruipende ranken het stadium en Lumiose City overwoekeren! Lysandre zendt Team Flare’s manifest uit: Ze willen een nieuwe wereldorde, waar alleen de “uitverkorenen” zullen toetreden! Ash en Alain vertrekken om Mairin te redden, maar Ash is geschokt als hij ontdekt dat Alain met Lysandre samenwerkt en wordt vervolgens door Team Flare op de Prismatoren gevangen genomen. Zijn vrienden proberen te helpen, maar een nijdige Zygarde staat in de weg – totdat hij wordt geconfronteerd met een tweede Zygarde. Gompie is namelijk getransformeerd en onthult zijn ware identiteit! Er is een krachtmeting ophanden, Zygarde versus Zygarde!