Nadat Ash en Goh hebben gehoord dat er een signaal van Mew is opgevangen op een verafgelegen eiland, gaan ze op onderzoek. Eenmaal daar, treffen ze een bos aan vol wilde Pokémon, waaronder een groep Pokémon die om onbekende reden bang is. Ze volgen de Pokémon en tot hun verbazing verschijnt Mewtwo! Ze vertellen Mewtwo wat hun doelen zijn en hij stemt in met een gevecht, maar zijn kracht is niet te evenaren. Nadat Ash en Goh verslagen zijn, beseffen ze dat Mewtwo de Pokémon die door mensen zijn mishandeld heeft beschermd. Mewtwo en de Pokémon vertrekken en Ash en Goh zijn opgetogen door alles wat ze hebben meegemaakt.