Nadat Ash, Goh, Chloe en Dawn door geheimzinnige portalen zijn gereisd, zijn ze in een parallelle wereld gekomen waar de achteruitgang van de tijd ervoor zorgt dat Pokémon uiteindelijk weer in het Ei komen te zitten. Samen met hun dubbelganger uit de parallelle wereld, onderzoeken Ash en zijn vrienden de oorsprong van de portalen en vinden ze de Legendarische Pokémon Dialga en Palkia in een hevig gevecht. Nadat ze Team Rocket van de parallelle wereld hebben verslagen, worden onze helden zelf getroffen door de achtergang van de tijd, waardoor ze jonger worden. Wanhopig proberen ze het vechten van de Legendarische Pokémon te stoppen en de ruimtetijd weer normaal te krijgen en daarom delen ze hun gevoelens met Dialga, Palka en de Mythische Pokémon Arceus, die op dit moment het conflict lijkt te kunnen voorkomen. Als alles weer normaal is, keren onze helden terug naar huis.