Når Ash spent ankommer Unova-regionen sammen med Pikachu, moren sin og professor Oak, oppdager vi at Giovanni samtidig har gitt Team Rocket et viktig oppdrag i Unova-regionen også. På samme tid som Jessie, James og Meowth forbereder seg på sitt nye oppdrag, introduserer professor Oak Ash for professor Juniper, en av toppforskerne i Unova-regionen.
Plutselig kommer det en mørk stormsky, og Pikachu blir truffet av en massiv mengde elektrisitet. Etter første undersøkelse av Pikachu finner ikke professor Juniper noe galt. Men senere, når Ash skal kjempe mot en ivrig ung trener som heter Trip og hans start Pokémon Snivy, kan ikke Pikachu bruke Elektrisk-type trekk!
I professor Junipers lab finner vi ut at Pikachu har blitt skadet av den massive mengden energi den absorberte under tordenværet, når plutselig den samme mørke skyen dukker opp igjen! Professor Juniper husker da historien om den Legendariske Pokémon Zekrom, og alle lurer på hva som kan være årsaken til at kreftene til Pikachu på mystisk vis er borte. Vil Pikachu noen gang være i stand til å bruke kreftene sine igjen?
