Samtidig som Meowth og heltene våre ankommer Nimbasa City, forbereder Jessie og James å sette ut i livet en ondsinnet plan, under rådgivning av Dr. Zager. På det fantastiske Pokémonsenteret i Nimbasa City overtaler Meowth dem til å la alle deres Pokémon få en lindrende massasje, som skal skje i det sikre Pokémonsenterhvelvet. Men det viser seg at Meowth fremdeles er en del av Team Rocket, og reisen med heltene våre den siste tiden har ikke vært annet enn et knep for å gjøre det mulig for Meowth å komme seg inn i hvelvet og stjele de alle de Pokémon som er der!
Samtidig har sjefene for Nimbasa undergrunnen, Ingo og Emmet, etterforsket det mystiske Spøkelsetoget, som har blitt observert i undergrunnssytemet flere ganger. Nå fører en serie med hendelser, satt i gang av Dr. Zager og Team Rocket, Nimbasa City ut i kaos! Men Cilan klarer å sette bitene fra de forskjellige hendelsene sammen: Spøkelsetogobservasjonen, de savnede Pokémonsenter
Pokéballene, vindebroen i Nimbasa City som setter seg fast i oppheist posisjon..Alt er en del av Team Rockets plan om å stjele mange, mange Pokémon, inkludert våre helters Pokémon!
Cilan, Ash og Iris begir seg av sted i jakten på Spøkelsestoget ved å bruke postvognen som knytter postkontoret i Nimbasa City sammen med undergrunnslinjen, men de mange falske Spøkelsestogene gjør heltene våre og Ingo og Emmet helt forvirret! Vil de klare å redde sine Pokémon og redde Nimbasa City fra randen av katastrofe?!
