Når Team Rockets ondsinnede plan om å stjele Pokémonene fra Pokémonsenteret i Nimbasa City fortsetter i et frenetisk tempo, følger heltene våre, sammen med Undergrunnsjefene Ingo og Emmet Ingo and Emmet følgende hakk i hæl! Hinder etter hinder blir kastet mot dem hele tiden, inntil Cilan kommer på at Spøkelsestoget er nødt til å dukke opp over jorden på et eller annet tidspunkt, og de setter kursen for Anville Town togparkering hvor dette vil skje.
Samtidig har våre helters fangede Pokémon prøvd å slippe unna fra Spøkelsestoget, og med de samlede anstrengelsene til Pikachu, Snivy, Excadrill, Roggenrola, Tepig og Pansage klarer alle Pokémon å komme seg ut av burene de er plassert i. Så, takket være hjelpen fra heltene våre, så vel som Ingos Chandelure, klarer de å kople løs deres undergrunnsvogn fra Team Rockets vogn. Til slutt kan heller ikke Dr. Zager’s anstrengelser fra helikopteret hindre i å forpurre Team Rockets planer.
Selv om Pikachu nesten skummer over av raseri av det faktum at Meowth i grunnen var en del av Team Rocket hele tiden, forteller Ash Meowth at han virkelig hadde det gøy i den tiden de tilbrakte sammen under reisen til Nimbasa City. Team Rocket og Dr. Zager slipper unna i deres helikopter, men lover å komme tilbake for å kjempe en annen dag. Og samtidig retter Ash nå fokus mot sin Gymkamp i Nimbasa City, hvor han skal kjempe mot Nimbasa Gymleder Elesa!
