Når der er på vei mot Icirrus City og Ash sin neste Gym-kamp, ender heltene opp med å gå seg vill inne i Twist-fjellet, med sine mange grotter. Der møter de på en Pokémon-forsker med navnet Ferris, som nettopp har oppdaget en fossil av den urgamle Prototurtle Pokémon, Tirtouga. De blir snart jaget ut av fjellet av Ferris sin barndomsvenn Sierra, som nå leder fjellgruveoperasjonen.
Hjemme hos Ferris finner vi ut at da han var et barn, sverger han på at han faktisk møtte og lekte med Tirtouga inni fjellet! Når han og heltene våre teoretiserer over at det må ha vært på grunn av et slags tidshull, planlegger Team Rocket (sammen med Dr. Zager) å stjele og gjenskape Skjellfossilet, som de trenger for å reise tilbake i tid ved å bruke den samme tidshulletet (“Tidsportalen”, en portal mot fortiden) som Ferris hadde opplevd som gutt med Tirtouga. Planen er å dra tilbake til fortiden, stjele så mange urgamle Pokémon som mulig, og bringe dem tilbake til den moderne verden, og dermed gjør dem i stand til å herske over Unova-regionen.
Heltene våre vil ikke ha noe av det, og det oppstår en kamp mellom dem. Men Team Rocket har bygget et godt forsvar inn i sitt utstyr og heltene våre klarer ikke å trenge gjennom dem. Plutselig klarer den gjenskapte Tirtouga å flykte, med Ash og Ferris tar opp jakten på den. Vi forlater episoden i det de prøver å overbevise en sint Tirtouga om at de ikke har onde hensikter, mens Team Rocket fast
