Ash, Cilan og Iris møter Professor Junipers assistent utenfor Dragespiraltårnet, og han tilbyr dem å sitte på i bilen det siste stykket til De hvite ruiner hvor Professor Juniper venter. Underveis forteller han dem at utgravningsteamet kan ha funnet noe veldig stort, men mer vil han ikke si. Vel framme møter de Professor Juniper, som viser dem en dør som er dekorert med mystiske symboler. Han flytter på noen av steinene, og døren åpner seg! Der, rett foran øynene på dem, er lyssteinen, den gjenstanden som ifølge legenden er Reshiram i en annen form! Når professoren løfter steinen, spruter den ild, og sender et voldsomt lys opp i lufta, uten å skade professoren.
N ser lyset fra avstand og føler nærværet av Reshiram. Han drar til ruinene, overrasker Professor Juniper og de andre, og forlanger å få vite hva professoren planlegger å gjøre med steinen. Cedric forklarer at lyssteinen og Reshiram er en del av hans livsverk, og sier at han har tenkt å undersøke steinen nøye. Dette finner N uakseptabelt og han tar affære. Han tar kofferten med steinen og løper av gårde. Ash løper etter ham, men bakken gir etter. N går tilbake for å hjelpe ham, og han slipper til og med taket i steinen for å ta tak i hånda til Ash, men han faller han også, og begge to lander på myk sand langt nede i dypet.
Tilbake på overflaten, prøver de andre å finne ut hvordan de skal redde Ash og N, mens de får uventet besøk: Team Plasma! Skurkene så også lyseksplosjonen fra steinen og dro til ruinene for å få tak i både N og lyssteinen. De skal til å angripe Iris, Cilan og Cedric, men akkurat da avslører professorens assistent sin egentlige identitet; det er etterforsker Looker fra det internasjonale politi. Han tar tak i Aldith fra Team Plasma, og sier at forsterkninger er på vei. Men Colress aktiverer sin nå perfeksjonerte maskin, og tar kontroll over Golurk som har hjulpet til med utgravningene, og vender den mot vårer helter!
Jessie, James og Meowth har fulgt etter Team Plasma til feltet, men de bestemmer seg for å slappe av og vente til mørket faller på, for så å ta lyssteinen og Pikachu. Nede i dypet har Ash og N en lang prat om forholdene mellom mennesker og Pokémon. N mener fortsatt at Pokémon har det best uten mennesker, men Ash insisterer på at hans eneste hensikt med å lære mer om Pokémon er at han vil værer venner med dem, inkludert Reshiram! Når de hører lyden av kamper over seg bestemmer de seg for å finne en vei ut. Hvem vil gjøre krav på lyssteinen når dette slaget er over?
