Ash flyr på ryggen til den legendariske Pokémon Reshiram og har det kjempemorsomt. Plutselig blir de utfordret til kamp av Iris, som rir på den legendariske Pokémon Zekrom. Zekrom sin Thunderbolt slår ut Ash.. og han havner i senga på laboratoriet til Professor Juniper. Han har drømt, og siden Iris ikke klarte å vekke ham, ba hun Pikachu bruke Thunderbolt på ham. Hun ber ham gjøre seg klar, for neste del av reisen begynner i dag! Ash skal hjem til Kantoregionen, og både Iris og Cilan bestemmer seg for å bli med. Professor Juniper foreslår at de reiser til Kanto med et cruiseskip som skal ha flere stopp på Decolore-øyene. Den idèen liker alle tre.. og smuglytterne fra Team Rocket.
Takket være noen knep fra Team Rocket, ender våre helter opp på deres lille skip, i stedet for på det store skipet som faktisk skal til Kanto. Jessie, forkledd som mannskap, får Ash, Iris og Cilan til å overlate sine Pokeball til henne, og byr Pikachu og Axew noe godt å spise. Hun lokker de Pokémon inn på et lekerom mens James, forkledd som kaptein, tar med seg våre helter til deres rom, og låser dem inne der.
Men det var èn Pokeball som rullet av gårde mens Jessie var uoppmerksom, så Oshawott vandrer fritt omkring på skipet.. og oppfatter raskt hva Team Rocket driver med.
Oshawott angriper, og dens Razor Shell treffer kontrollpanelet, og slår ut det elektriske anlegget, og dermed åpnes alle dørene. Ash, Iris og Cilan får raskt tak i sine Pokémon og løper opp på dekk for å konfrontere Team Rocket, og kampen begynner, selv om Cilan advarer mot å slåss om bord på et skip. Og han får rett! Når Iris ber Excadrill om må bruke Dig, går det rett gjennom bunnen av skipet, som begynner å synke.
Team Rocket blir blåst av sted i en diger vannsprut, og våre helter klarer å flykte, til det riktige skipet denne gangen. Nå er de på vei til Kanto, og skal stoppe underveis på Decolore-øyene, i det reisen fortsetter.
