Det er en nydelig dag på sjøen, og våre helter nyter den friske luften på dekk i det en Croconaw, en Azumarill og en Octillery sniker seg usett om bord. De tre bryter seg inn i skipets lagerrom for å stjele mat, og oppdager at Team Rocket er ute i samme ærend! Alarmen går, og Porter sier at dette bare kan bety èn ting..pirater!
Pikachu og Snivy drar for å undersøke, og oppdager tre naskende Pokémon i det de drar av gårde med tyvegodset. Skipets mannskap prøver å stanse dem, men de Pokémon har gjort dette mange ganger før, så de kommer seg unna, og får lasten om bord på flåten hvor Ducklett, det fjerde gjengmedlemmet, venter. De stikker av etter å ha kastet Team Rocket over bord.
Mens Meowth prøver å få tak i tyvegodset, får våre helter vite av Officer Jenny fra øy-politiet at gjengen med pirater har herjet på øyene i lang tid. Ash, Iris og Cilan tilbyr seg å hjelpe, og sammen drar de av gårde i politibåten til Officer Jenny for å lete etter gjemmestedet til tyvene.
Meowth har oppdaget gjemmestedet, men når piratene oppdager Meowth, angriper de, til tross for at Meowth ber om å få snakke om saken. Charizard oppdager gjemmestedet fra lufta, og leder politibåten dit. Officer Jenny vil arrestere dem, og Ash spør dem hvorfor de driver og stjeler. Med Meowth som oversetter, forteller de fire Pokémon sine triste historier om Trenere som har behandlet dem dårlig. På grunn av dette har de blitt slemme og begynt å stjele. De blir enige om å ta en kamp. Hvis piratene taper, skal de slutte å stjele. Og de taper.
Våre helter og Officer Jenny forbereder seg på å dra når det plutselig blåser opp! De legger merke til en gummibåt ute på bølgene med tre livredde Darumaka om bord! Sjøen er for tøff til at politibåten kan gå ut, men Croconaw får med seg gjengen, og alle fire svømmer ut og får dratt båten inn til land. Officer Jenny blir imponert over motet og tilbyr dem å bli medlemmer av Kystvakten, men først må de be om unnskyldning til alle de har stjålet fra. Og dermed ser fremtiden lys ut for eks-piratene, og våre helter setter igjen seil, og reiser videre til Kanto-regionen!