I det Jessie, James og Meowth legger nye planer om å stjele Pikachu, blir de avbrutt av to mystiske skikkelser: en kvinne med kappe, kun kjent som Madam X, og Malamar, en Pokémon med utrolige hypnotiske krefter. Jessie og James faller raskt i transe, men Meowth greier å komme seg unna - og løper rett på våre helter! Ash, Serena, Clemont og Bonnie hjelper den skadede Meowth tilbake på beina, og han advarer dem om at Madame X og Malamar kommer for å ta Pikachu. Og det er akkurat det som skjer. I det de to dukker opp sammen med hypnotiserte Jessie og James, sveiper de med seg Pikachu ved hjelp av Malamar sin Psychic, og stikker av til gjemmestedet sitt. Clemont har en ny oppfinnelse, en Pikachu-formet robot laget for å spore opp Pikachu sin energi, og de følger den til et observatorium, der den setter seg fast i gjerdet og eksploderer. Clemont gjør noen raske reparasjoner, og så oppdager Bonnie at motorsykkelen til Officer Jenny står parkert utenfor bygningen. I det våre helter undersøker nærmere, finner de Madame X innenfor - sammen med Pikachu, som har blitt hypnotisert av Malamar!
Malamar hypnotiserer raskt både Serena, Bonnie og Clemont, men Meowth angriper Ash for å holde ham fokusert. Pikachu adlyder først ordrene til Madame X om å gjøre alt den kan for å stoppe Ash, men båndet mellom Ash og Pikachu er sterkere enn noen hypnotisk kraft, og Pikachu klarer å riste seg ut av transen! Da kommer Pikaboten, som har gjenopptatt søket, buldrende inn. Den smeller inn i Malamar, og forstyrrer kreftene dens, slik at alle blir normale igjen, Madam X også. I det hun tar av hetten viser det seg at hun egentlig er Officer Jenny! Malamar forklarer triumferende, og Meowth oversetter. Malamar hadde visst en mesterlig plan om å bruke en hjerne-kontrollerende konstruksjon til å ta over verden. Det første steget var å kontrollere Officer Jenny så hun ble en medsammensvoren, men nå da planen har blitt oppdaget, har den bestemt seg for å ødelegge konstruksjonen. Alle løper for å komme seg unna når bygningen eksploderer, men Malamar unnslipper! Hva blir det ut av mesterplanen nå?
