Midt i lunsjpausen blir heltene våre gledelig overrasket av sin gamle venn Sanpei og hans Greninja. De er på vei hjem til Ninja-landsbyen, og heltene våre blir invitert med! Der møter de Sanpeis brødre, Ippei og Nihei, i tillegg til landsbyhøvdingen Hanzo og assistenten hans, Shinobu. Alle er imponert over Sanpeis fremgang som ninja og trener. Heltene våre forundrer seg over alle de utrolige Pokémon der?og Team Rocket følger med fra oven og planlegger å fange dem alle sammen. Ut av det blå angriper flere Skarmory landsbyen, og maskerte ninjaer kidnapper Hanzo! Hvem er de, og hva vil de? Svarene kommer mens reisen fortsetter!