Mens heltene våre besøker hjemmet til vennen Sanpei, Ninja-landsbyen, blir høvding Hanzo fanget av en mystisk gruppe ninjaer! Lederen deres er Kagetomo, en begavet ninja som har bestemt at han burde være høvding i stedet for Hanzo. Sanpei og brødrene er fast bestemt på å redde høvdingen, og de konfronterer Kagetomo og troppene hans med hjelp fra Ash, Serena og Clemont. Mens de kjemper, utvikler Ashs Frogadier seg til en enormt mektig Greninja! Ninjatroppene blir bekjempet, og Kagemoto skjønner at han har handlet galt og bestemmer seg for å fokusere på treningen igjen. Ash og vennene blir igjen for å nyte ninjafestivalen, hvor Hanzo utpeker Sanpeis eldste bror Ippei som den neste høvdingen. Etter at heltene våre har dratt, forteller den mellomste broren, Nihei, de andre at han så noe i Ashs Greninja som minnet ham om landbyens urgamle helt