I jakten på Team Flare og Myki støter Team Rocket på en lignende Pokémon, den som er kjent som Z2, og Team Flare er rett bak den! Kampen mellom de to gruppene går frem og tilbake, og Z2 bytter hender flere ganger?helt til den smelter sammen med mange Celler og blir en mektig og skremmende, slangeaktig Pokémon som får bakken til å riste når den angriper! Z2 har helt tydelig ledelsen, men Lysandre har tilkalt hjelp! Med hjelp fra Alain og hans Mega Charizard greier Team Flare å beseire Z2 og fange den. I mellomtiden, i leiren til heltene våre, koser Bonnie med en trist og begkymret Myki og prøver å finne ut hva som er i veien...