Etter de får høre at et signal man tror kommer fra Mew har blitt oppdaget på en øy langt unna, drar Ash og Goh for å undersøke. Der finner de en skog full av ville Pokémon, inkludert en flokk av Pokémon som av en eller annen grunn er redde. De følger etter flokken, og til deres store overraskelse dukker Mewtwo opp! De forteller Mewtwo om målene sine, og den går med på en kamp, men kreftene dens er overveldende. Etter å ha tapt, skjønner Ash og Goh at Mewtwo beskytter Pokémon som har blitt dårlig behandlet av mennesker. Mewtwo og Pokémon-flokken tar farvel, og Ash og Goh er fulle av ærefrykt over alt de har opplevd!