Goh har mottatt sitt andre prøveoppdrag for Mew-prosjektet: fang en vill Kingdra. På jakt etter malstrømmer som kan være forårsaket av den sjeldne Pokémon, reiser heltene våre til sjøen utenfor Slateport City i Hoenn. Der støter de på Drake fra regionens Elite Four. Etter å ha spurt Drake om hjelp til å dykke dypt nok til å finne en Kingdra, hjelper Ash og Goh ham først med å lete etter en sunken skatt, og de finner en eldgammel ubåt! Så, med Drakes utstyr, dykker heltene våre mye dypere og støter på mange ville Pokémon. Og med hjelp fra Seadra, fanger Goh en vill Kingdra og og består det andre prøveoppdraget sitt!