Når Dawn sin Piplup blir tatt med gjennom en mystisk portal av en som ser akkurat ut som henne, ber hun Ash om hjelp, og Goh og Chloe blir med. Og når en uvanlig kompetent versjon av Team Rocket dukker opp fra en annen portal og stjeler Lucario og Inteleon, jager Dawn og Goh dem inn i en parallell verden: en verden uten Pokémon! De møter den andre Dawn, som forklarer at tiden i hennes verden går baklengs, noe som får Pokémon til å glemme trekk, utvikle seg baklengs og til og med bli til egg. Etter å ha gjort litt research med Sinnoh-mesteren Cynthia, kommer Ash og Chloe også til den andre verdenen! Kan de løse dette mysteriet?