Etter å ha reist gjennom mystiske portaler, befinner Ash, Goh, Chloe og Dawn seg i en parallell verden der tiden går bakover og Pokémon har blitt til Egg! Sammen med sine motparter i den parallelle verdenen, undersøker Ash og vennene portalenes opprinnelse og finner de Legendariske Pokémon Dialga og Palkia i kamp. Etter å ha beseiret den parallelle verdenens Team Rocket, blir heltene våre selv påvirket av baklengstiden, og blir yngre! Desperate etter å stoppe kampen mellom de Legendariske Pokémon og gjenopprette romtiden, deler de følelsene sine med Dialga, Palkia og den Mytiske Pokémon Arceus, som ser ut til å dempe konflikten en stund. Med alt tilbake til det normale, drar heltene våre hjem!