På ett tåg mot Acuity-sjön och Ashs planerade Pokémon-strid med Paul, blir våra Hjältar överraskade av att hitta en Ampharos bland de lokförare som kör tåget de åker med! På samma tåg finns även en ganska ovanlig man vid namn Herr Looker, liksom ett förklätt Team Rocket. Bekymren börjar dock när ett rödljus plötsligt uppenbarar sig framför dem på spåret, vilket tvingar dem att stanna. Och när Team Rocket får se alla våra Hjältars Pokémon utanför ätande lunch, beslutar de sig för att tiden är perfekt för att stjäla allihop, medan Herr Looker kliver av tåget med en känsla av oro och i hemlighet sätter igång en undersökning om varför tåget har stannat.
Under tiden har Team Rocket lyckats rycka till sig alla våra Hjältars Pokémon samt tågets Ampharos, men Ashs Staraptor släpper loss en kraftfull Aerial Ace som befriar alla Pokémon. De har dock landat långt från våra Hjältar och måste korsa ett flertal hinder innan alla till slut är återförenade.
Medan detta pågår, har herr Looker gjort lite detektivarbete och listat ut att det var Team Galactic som faktiskt hade stoppat tåget – detta för att använda spåret till att i hemlighet frakta något till Acuity-sjön med järnväg genom att använda ett övergivet spår.
Med alla välbehållna, slår ljuset om till grönt så att våra Hjältar kan fortsätta till Acuity-sjön, och vi förstår till slut att herr Looker egentligen är en utredare, som är hack i häl på Team Galactic och deras ännu okända onda gärningar!
