Medan våra hjältar besöker sin vän Sanpeis hem i Ninja-byn, blir hövdingen Hanzo bortrövad av en grupp mystiska ninjor! Deras ledare är Kagetomo, en skicklig ninja som har bestämt att han ska bli hövding istället för Hanzo. Sanpei och hans bröder är fast beslutna att befria sin hövding och de konfronterar utan omsvep Kagetomo och hans styrka, med hjälp av Ash, Serena och Clemont. Under striden utvecklas Ashs Frogadier till en ofantligt kraftfull Greninja! Ninja-styrkan besegras och Kagetomo ser det felaktiga i sitt beteende, och bestämmer sig för att åter fokusera på sin träning. Ash och hans vänner stannar för att få nöjet att uppleva byns festival, där Hanzo utser Sanpeis äldste bror, Ippei, till näste hövding. Efter att våra hjältar gett sig av, berättar mellanbrodern, Nihei, för de andra att han såg något hos Ashs Greninja som påminde honom om byns urgamla hjälte..