Prisutdelningsceremonin i Kalos-ligan avbryts när enorma, krypande växtrankor uppslukar arenan och hotar att ta över hela Lumiose City! Lysandre tillkännager Team Flares avsikter i direktsändning: De vill skapa en ny världsordning, där endast "de utvalda" får följa med! Ash och Alain sticker iväg för att rädda Mairin, men Ash chockas vid upptäckten av att Alain har samarbetat med Lysandre, och Team Flare fängslar Ash längst upp i Prisma-tornet! Hans vänner försöker hjälpa honom, men en arg Zygarde står i vägen för dem ? tills den konfronteras av en annan Zygarde, när Kletis förvandlas och avslöjar sin verkliga identitet! En kraftmätning är nära förestående, och det är Zygarde mot Zygarde!