Lysandres försök att ta över Lumiose City fortsätter, medan våra hjältar gör vad de kan för att besegra honom. Ash och hans Pokémon har blivit tillfångatagna, men när Alain inser att hans samarbete med Lysandre har lett fram till den här katastrofen, hjälper han dem att bli fria. Ash och Alain slår sedan samman sina styrkor för att utmana Lysandre till strid! Kletis, nu avslöjad som den Legendariska Pokémon Zygarde, försöker fortfarande nå fram till Team Flares Zygarde ? men Team Flares fruktansvärda maskin ser snart till att även Kletis hamnar under deras kontroll, medan Bonnie med fasa ser på! Världens öde hänger på en tunn tråd ? vem kommer att segra?