Efter att ha upptäckt en signal på en avlägsen ö som kan tillhöra Mew ger sig Ash och Goh av för att undersöka saken. De hittar en skog som kryllar av vilda Pokémon, men de är väldigt rädda. Våra hjältar följer efter dessa Pokémon - och plötsligt uppenbarar sig Mewtwo! De berättar om sina drömmar för Mewtwo, och den går med på att strida mot dem, men den är alldeles för stark. Efter att ha blivit besegrade inser Ash och Goh att Mewtwo är där för att skydda dem Pokémon som blivit illa behandlade av människor. Mewtwo och alla Pokémon far därifrån och Ash och Goh är förbryllade över vad de just varit med om!