Als Mauzi und unsere Helden in Rayono City ankommen, sind Jessie und James gerade dabei, ihren heimtückischen Plan unter der Führung von Dr. Zager in die Tat umzusetzen. In dem außergewöhnlichen Pokémon-Center von Rayono City überzeugt Mauzi unsere Freunde davon, ihren Pokémon eine wohltuende Massage zu spendieren, die sie in dem abgesicherten Lager des Pokémon-Centers erhalten. Doch schon bald stellt sich heraus, dass Mauzi immer noch ein Mitglied von Team Rocket ist und die Reise mit unseren Helden nur eine List war, um in das Lager zu gelangen, um dort die vielen Pokémon zu stehlen! Unterdessen beginnen die Metromeister Hin und Her mit ihren Nachforschungen. Ein geheimnisvoller „Geisterzug“ ist mehrmals auf den Gleisen der Metro gesichtet worden und eine Serie von Ereignissen, deren Urheber Dr. Zager und Team Rocket sind, versetzt Rayono City in Angst und Schrecken! Aber Benny gelingt es, die unterschiedlichen Puzzlesteine der jüngsten Ereignisse zusammenzufügen: die Erscheinungen (2.F.: Das Auftauchen) des Geisterzuges, die vermissten Pokébälle des Pokémon-Centers, die Zugbrücke von Rayono City, die in geöffneter Position verblieben sind… das alles gehört zu Team Rockets Plan, so viele Pokémon wie nur möglich zu stehlen, einschließlich der unserer Helden! Benny, Ash und Lilia nehmen die Verfolgung des Geisterzuges mit einem Post-Schienenfahrzeug auf, das normalerweise zwischen der Hauptpost und der Metro verkehrt. Sie stoßen jedoch auf zahlreiche Geisterzug-Attrappen, die sowohl unsere Helden als auch Hin und Her völlig verwirren! Wird es ihnen dennoch gelingen, ihre Pokémon zu befreien und Rayono City zu retten?!